Euler applications and libraries

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Introduction

On Euler cluster, we plan to switch to LMOD modules, which provide some additional features compared to environment modules that we are currently using on Euler. LMOD allows to define a hierarchy of modules containing 3 layers (Core, Compiler, MPI). Therefore we present the list of available applications and libraries in a different way that takes into account the 3 layers of the module hierarchy.

Module hierarchy

Core layer

The core layer contains all module files which are not depending on any compiler/MPI. This can for instance be compilers, utility modules (eth_proxy, StdEnv) or commercial codes that bring their own runtime libraries to be independent of the compilers available on the system.

  • StdEnv
  • adf/2016.07
  • adf/2019.302
  • ansys/18.2
  • ansys/19.5
  • blender/2.79b
  • blender/2.80
  • cellranger/3.1.0
  • cellranger/4.0.0
  • cfx/18.2
  • cfx/19.5
  • climate/3.0
  • comsol/5.3a
  • comsol/5.4
  • comsol/5.5
  • cst_studio_suite/2020
  • eth_proxy
  • fluent/18.2
  • fluent/19.5
  • freesurfer/6.0.0
  • gama/1.8
  • gcc/4.8.2
  • gcc/4.8.5
  • gcc/5.4.0
  • gcc/6.3.0
  • gcc/7.3.0
  • gcc/8.2.0
  • gurobi/9.0.2
  • icemcfd/18.2
  • icemcfd/19.5
  • imagej/1.53
  • intel/18.0.1
  • intel/2018.1
  • intel_tools/18.0.1
  • intel_tools/2018.1
  • maple/2016
  • mathematica/11.1.1
  • matlab/R2017b
  • matlab/R2020a
  • matlab/9.3
  • orca/4.2.1
  • paraview/5.6.0
  • paraview/5.8.0_headless
  • paraview/5.8.0
  • pgi/15.1
  • stata/14
  • stata/16
  • turbomole/7.0.2_smp
  • turbomole/7.0.2
  • turbomole/7.4.1_smp
  • turbomole/7.4.1
  • vmd/1.9.3

Compiler layer

The compiler layer contains all modules which are depending on a particular compilers, but not on any MPI library. The standard compiler for the new software stack on Euler is GCC 4.8.5, therefore most applications and libraries are available for this compiler. There are additional toolchains for GCC 6.3.0 (supports c++14 standard), GCC 8.2.0 (supports c++17 standard) and for Intel 18.0.1.

GCC 4.8.5

  • abseil-cpp/20190808
  • ack/2.22
  • alglib/3.11.0
  • alsa-lib/1.1.4.1
  • angsd/0.921
  • angsd/0.925
  • ann/1.1.2
  • ant/1.9.9
  • antlr/2.7.7
  • apr-util/1.5.4
  • apr-util/1.6.0
  • apr/1.5.2
  • apr/1.6.2
  • aragorn/1.2.38
  • arb/2.17.0
  • argtable/2-13
  • aspell/0.60.6.1
  • astral/4.10.7
  • astyle/3.0.1
  • atk/2.20.0
  • atk/2.21.90
  • atlas/3.10.2
  • atompaw/4.0.0.13
  • atop/2.2-3
  • autoconf/2.69
  • automake/1.15
  • automake/1.15.1
  • bam-readcount/0.8.0
  • bamtools/2.5.1
  • bamutil/1.0.13
  • bash/4.4
  • bash/4.4.12
  • bazel/0.9.0
  • bazel/0.11.1
  • bazel/0.24.1
  • bbmap/37.36
  • bc/1.07
  • bcftools/1.6
  • bdw-gc/7.4.4
  • bdw-gc/7.6.0
  • beagle/3.3.2
  • beagle/4.1
  • beagle/5.1
  • beast1/1.8.4
  • beast2/2.4.6
  • beast2/2.5.2
  • bedops/2.4.36
  • bedtools2/2.26.0
  • bedtools2/2.27.1
  • bedtools2/2.29.2
  • berkeley-db/5.3.28
  • berkeley-db/6.2.32
  • binutils/2.28
  • binutils/2.29.1
  • bismark/0.19.0
  • bison/3.0.4
  • bitmap/1.0.8
  • blast-plus/2.9.0
  • blat/35
  • blat/36
  • blaze/3.1
  • blaze/3.2
  • bliss/0.73
  • blitz/1.0.1
  • boost/1.62.0
  • boost/1.63.0
  • boost/1.64.0
  • boost/1.66.0
  • boost/1.68.0
  • boost/1.69.0
  • bowtie/1.2
  • bowtie2/2.3.4.1
  • bowtie2/2.3.5.1
  • bpp-core/2.2.0
  • bpp-phyl/2.2.0
  • bpp-seq/2.2.0
  • bpp-suite/2.2.0
  • breseq/0.30.1
  • bwa/0.7.12
  • bwa/0.7.15
  • bwa/0.7.17
  • bzip2/1.0.6
  • c-blosc/1.12.1
  • cairo/1.14.8
  • cairo/1.14.10
  • cairo/1.14.12
  • canu/1.9
  • cap3/2015-02-11
  • cares/1.13.0
  • cdbfasta/2017-03-16
  • cddlib/0.94h
  • cdhit/4.6.8
  • cereal/1.2.2
  • cgal/4.11
  • checkm/1.1.2
  • clhep/2.4.1.3
  • cloc/1.74
  • clustalo/1.2.4
  • clustalw/2.1
  • cmake/2.8.10.2
  • cmake/3.4.3
  • cmake/3.5.2
  • cmake/3.8.0
  • cmake/3.9.0
  • cmake/3.9.4
  • cmake/3.11.0
  • cmake/3.11.1
  • cmake/3.12.4
  • cmake/3.14.4
  • cmake/3.15.3
  • cmake/3.16.5
  • cmocka/1.1.1
  • colm/0.12.0
  • compositeproto/0.4.2
  • connectome_workbench/1.3.2
  • coreutils/8.26
  • cppad/20170000.8
  • cppcheck/1.81
  • cppunit/1.13.2
  • cscope/15.8b
  • cub/1.7.1
  • cube/4.3.5
  • cuda/8.0.61
  • cuda/9.0.176
  • cuda/9.1.85
  • cuda/9.2.88
  • cuda/10.0.130
  • cuda/10.1.243
  • cudnn/5.1
  • cudnn/6.0
  • cudnn/7.0
  • cudnn/7.2
  • cudnn/7.3
  • cudnn/7.4
  • cudnn/7.5
  • cudnn/7.6.4
  • cufflinks/2.2.1
  • cups/2.2.3
  • curl/7.53.1
  • curl/7.59.0
  • curl/7.61.1
  • cvs/1.12.13
  • czmq/4.0.2
  • damageproto/1.2.1
  • dante/1.4.2
  • datamash/1.1.0
  • dbus/1.11.2
  • dbus/1.12.10
  • diamond/0.9.14
  • diamond/0.9.22
  • diamond/0.9.24
  • diamond/0.9.28
  • direnv/2.11.3
  • dmd/2.081.1
  • dmlc-core/20170508
  • dmxproto/2.3.1
  • dos2unix/7.3.4
  • double-conversion/2.0.1
  • dri2proto/2.8
  • dri3proto/1.0
  • dropest/0.8.6
  • ea-utils/1.04.807
  • ed/1.4
  • eigen/3.3.4
  • elfutils/0.163
  • emacs/26.1
  • emboss/6.6.0
  • exonerate/2.4.0
  • expat/2.2.0
  • expat/2.2.2
  • exuberant-ctags/5.8
  • farmhash/92e897
  • fastq-screen/0.11.2
  • fastqc/0.11.4
  • fastqc/0.11.5
  • fastqc/0.11.9
  • fastx-toolkit/0.0.14
  • ffmpeg/3.2.4
  • ffmpeg/3.2.14
  • fftw/3.3.5
  • findutils/4.6.0
  • fixesproto/5.0
  • flac/1.3.2
  • flash/1.2.11
  • flex/2.6.1
  • flex/2.6.3
  • flex/2.6.4
  • flint/2.5.2
  • fltk/1.3.3
  • fluidsynth/1.1.10
  • font-util/1.3.1
  • fontcacheproto/0.1.3
  • fontconfig/2.11.1
  • fontconfig/2.12.3
  • fontsproto/2.1.3
  • fonttosfnt/1.0.4
  • freetype/2.7
  • freetype/2.7.1
  • freexl/1.0.5
  • gatk/4.0.4.0
  • gatk/4.0.10.0
  • gatk/4.1.1.0
  • gaussian/09d01
  • gawk/4.1.4
  • gdal/3.1.2
  • gdbm/1.13
  • gdbm/1.14.1
  • gdk-pixbuf/2.31.2
  • gdk-pixbuf/2.31.3
  • gdk-pixbuf/2.31.4
  • gdk-pixbuf/2.31.6
  • gemmlowp/a6f29d9ac
  • geos/3.6.2
  • gettext/0.19.8.1
  • gflags/2.1.2
  • ghostscript-fonts/8.11
  • ghostscript/9.21
  • giflib/5.1.4
  • git-lfs/2.3.0
  • git/2.12.1
  • git/2.15.1
  • glew/2.0.0
  • glib/2.49.7
  • glib/2.50.3
  • glib/2.53.1
  • glib/2.56.0
  • glib/2.56.1
  • glm/0.9.7.1
  • global/6.5
  • glog/0.3.4
  • glog/0.3.5
  • glpk/4.55
  • glpk/4.61
  • glpk/4.65
  • glproto/1.4.17
  • gmake/4.0
  • gmake/4.2.1
  • gmp/6.1.2
  • gnat/2016
  • gnuplot/5.2.0
  • gnutls/3.5.10
  • gnutls/3.5.13
  • go-bootstrap/1.4-bootstrap-20161024
  • go-bootstrap/1.4-bootstrap-20171003
  • go/1.8.1
  • go/1.10.1
  • go/1.11.1
  • gobject-introspection/1.49.1
  • gobject-introspection/1.49.2
  • gobject-introspection/1.50.0
  • googletest/1.8.1
  • gperf/3.0.4
  • gperftools/2.4
  • graphtyper/1.3
  • groff/1.22.3
  • gsl/1.16
  • gsl/2.3
  • gsl/2.4
  • gtkplus/2.24.32
  • gts/121130
  • guile/2.2.0
  • harfbuzz/1.4.5
  • harfbuzz/1.4.6
  • harfbuzz/1.4.7
  • harfbuzz/1.4.8
  • harminv/1.4
  • hdf/4.2.12
  • hdf/4.2.13
  • hdf5/1.10.1
  • help2man/1.47.4
  • highfive/1.5
  • highwayhash/dfcb97
  • hisat2/2.1.0
  • htop/2.0.2
  • htslib/1.2
  • htslib/1.3.1
  • htslib/1.6
  • htslib/1.7
  • htslib/1.10.2
  • hwloc/1.11.6
  • hwloc/1.11.8
  • hwloc/1.11.9
  • hwloc/1.11.10
  • hwloc/1.11.12
  • hwloc/2.0.1
  • hwloc/2.2.0
  • hydra/3.3.1
  • hypre/2.13.0
  • icu4c/58.2
  • icu4c/60.1
  • id3lib/3.8.3
  • idba/1.1.3
  • igv/2.8.2
  • ilmbase/2.3.0
  • image-magick/7.0.5-9
  • imake/1.0.7
  • inputproto/2.3.2
  • intel-tbb/2017.5
  • intel-tbb/2018.2
  • intltool/0.51.0
  • isl/0.14
  • isl/0.15
  • isl/0.18
  • isl/0.19
  • jags/4.3.0
  • jansson/2.9
  • jasper/1.900.1
  • jdk/8u141-b15
  • jemalloc/4.5.0
  • jmol/14.8.0
  • jq/1.5
  • json-c/0.13.1
  • jsoncpp/1.7.3
  • judy/1.0.5
  • kbproto/1.0.7
  • krb5/1.16.1
  • lcms/2.8
  • leveldb/1.20
  • lftp/4.8.1
  • libaio/0.3.110
  • libarchive/3.2.1
  • libarchive/3.3.2
  • libassuan/2.4.5
  • libatomic-ops/7.4.4
  • libbsd/0.8.6
  • libcerf/1.3
  • libcheck/0.12.0
  • libctl/3.2.2
  • libdrm/2.4.70
  • libdrm/2.4.81
  • libdwarf/20160507
  • libedit/3.1-20170329
  • libelf/0.8.13
  • libevent/2.0.19
  • libevent/2.0.21
  • libfabric/1.8.0
  • libffi/3.2.1
  • libfontenc/1.1.3
  • libfs/1.0.7
  • libgcrypt/1.6.2
  • libgcrypt/1.8.1
  • libgd/2.2.4
  • libgeotiff/1.5.1
  • libgme/0.6.2
  • libgpg-error/1.21
  • libgpg-error/1.27
  • libgpuarray/0.7.5
  • libgtextutils/0.7
  • libice/1.0.9
  • libiconv/1.15
  • libidn2/2.0.5
  • libidn2/2.1.1
  • libint/2.2.0
  • libjpeg-turbo/1.5.0
  • libjpeg-turbo/1.5.3
  • libjpeg/9b
  • libjpeg/9c
  • libmng/2.0.2
  • libmng/2.0.3
  • libnl/3.3.0
  • libogg/1.3.2
  • libopenal/1.17.2
  • libopenal/1.18.2
  • libpcap/1.8.1
  • libpciaccess/0.13.4
  • libpciaccess/0.13.5
  • libpipeline/1.4.2
  • libpng/1.6.27
  • libpng/1.6.34
  • libpthread-stubs/0.3
  • libpthread-stubs/0.4
  • librdf/1.0.17
  • libsigsegv/2.11
  • libsm/1.2.2
  • libsndfile/1.0.23
  • libsndfile/1.0.28
  • libsodium/1.0.15
  • libsvm/322
  • libszip/2.1.1
  • libtiff/3.9.7
  • libtiff/4.0.6
  • libtiff/4.0.8
  • libtiff/4.0.10
  • libtool/2.4.6
  • libunistring/0.9.7
  • libunwind/1.1
  • libvorbis/1.3.5
  • libx11/1.6.3
  • libx11/1.6.5
  • libxau/1.0.8
  • libxaw/1.0.13
  • libxc/2.2.2
  • libxc/3.0.0
  • libxcb/1.12
  • libxcb/1.13
  • libxcomposite/0.4.4
  • libxcursor/1.1.14
  • libxdamage/1.1.4
  • libxdmcp/1.1.2
  • libxext/1.3.3
  • libxfixes/5.0.2
  • libxfont/1.5.2
  • libxft/2.3.2
  • libxi/1.7.6
  • libxinerama/1.1.3
  • libxkbcommon/0.8.0
  • libxkbfile/1.0.9
  • libxml2/2.9.4
  • libxmu/1.1.2
  • libxp/1.0.3
  • libxpm/3.5.10
  • libxpm/3.5.12
  • libxrender/0.9.10
  • libxres/1.0.7
  • libxshmfence/1.2
  • libxslt/1.1.29
  • libxslt/1.1.30
  • libxsmm/1.13
  • libxt/1.1.5
  • libxtst/1.2.2
  • libxv/1.0.10
  • libxvmc/1.0.9
  • libzmq/4.3.2
  • llvm/5.0.1
  • llvm/6.0.0
  • lmdb/0.9.16
  • lmdb/0.9.21
  • lmod/7.4.11
  • lmod/7.7.13
  • lrslib/6.2
  • lua-jit/2.0.4
  • lua-luafilesystem/1_6_3
  • lua-luaposix/33.4.0
  • lua/5.3.2
  • lua/5.3.4
  • lz4/1.7.5
  • lz4/1.8.1.2
  • lzip/1.19
  • lziprecover/1.19
  • lzlib/1.9
  • lzma/4.32.7
  • lzo/2.09
  • m4/1.4.18
  • mafft/7.221
  • magma/2.2.0
  • magma/2.5.1
  • man-db/2.7.6.1
  • maven/3.3.9
  • maven/3.5.0
  • mawk/1.3.4
  • mcl/14-137
  • mesa-glu/9.0.0
  • mesa/17.2.3
  • mesa/18.3.6
  • metis/5.1.0
  • mkfontdir/1.0.7
  • mkfontscale/1.1.2
  • mono/5.4.1.7
  • motioncor2/1.2.3
  • motioncor2/1.3.0
  • mpc/1.0.3
  • mpc/1.1.0
  • mpfr/3.1.5
  • mpfr/4.0.1
  • mpich/3.3.1
  • msgpack-c/3.0.1
  • mshadow/20170721
  • mumps/5.1.1
  • muscle/3.8.31
  • muscle/3.8.1551
  • nasm/2.11.06
  • nasm/2.13.03
  • nccl/2.4.8-1
  • nco/4.6.7
  • ncurses/6.0
  • netcdf-cxx/4.2
  • netcdf/4.4.1
  • netcdf/4.4.1.1
  • nettle/3.2
  • nettle/3.3
  • ninja/1.8.2
  • ninja/1.9.0
  • nnvm/20170418
  • numactl/2.0.11
  • numactl/2.0.12
  • ocaml/4.06.0
  • oce/0.18.2
  • oce/0.18.3
  • oniguruma/6.1.3
  • opari2/2.0.4
  • openblas/0.2.19
  • openblas/0.2.20
  • openblas/0.3.6
  • openblas/0.3.7
  • opencv/3.4.3
  • openexr/2.3.0
  • openjdk/11.0.2
  • openjpeg/2.3.0
  • openmpi/2.1.1
  • openmpi/3.0.1
  • openmpi/4.0.2
  • openssl/1.0.1e
  • opus/1.1.4
  • otf2/2.2
  • p7zip/16.02
  • pango/1.40.3
  • pango/1.40.4
  • pango/1.41.0
  • papi/5.5.1
  • parallel/20190222
  • patch/2.7.5
  • patch/2.7.6
  • patchelf/0.9
  • pbzip2/1.1.13
  • pcre/8.40
  • pcre/8.41
  • pcre2/10.20
  • pcre2/10.31
  • pdt/3.22.1
  • perl-alien-build/1.86
  • perl-alien-libxml2/0.10_01
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  • perl-gdtextutil/0.86
  • perl-graph/0.9704
  • perl-html-parser/3.72
  • perl-html-tagset/3.20
  • perl-http-cookies/6.04
  • perl-http-daemon/6.01
  • perl-http-date/6.02
  • perl-http-message/6.13
  • perl-http-negotiate/6.01
  • perl-io-html/1.001
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  • perl-io-stringy/2.111
  • perl-io-tty/1.13_01
  • perl-ipc-run/20180523.0
  • perl-json/2.97001
  • perl-libwww-perl/6.33
  • perl-libxml-perl/0.08
  • perl-list-moreutils-xs/0.428
  • perl-list-moreutils/0.428
  • perl-lwp-mediatypes/6.02
  • perl-module-build-tiny/0.039
  • perl-module-build/0.4224
  • perl-net-http/6.17
  • perl-path-tiny/0.108
  • perl-readonly/2.05
  • perl-sub-uplevel/0.2800
  • perl-term-readkey/2.37
  • perl-term-readline-gnu/1.36
  • perl-termreadkey/2.38
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  • vtk/8.1.2
  • zoltan/3.83

GCC 8.2.0

  • armadillo/9.700.2
  • arpack-ng/3.5.0
  • boost/1.66.0
  • boost/1.68.0
  • dtcmp/1.1.0
  • fftw/3.3.7
  • hdf5/1.10.1
  • hmmer/3.1b2
  • hypre/2.12.1
  • hypre/2.13.0
  • hypre/2.14.0
  • kahip/2.00
  • libcircle/0.2.1.-rc.1
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  • lwgrp/1.0.2
  • matio/1.5.9
  • mdtest/1.9.3
  • mumps/5.1.1
  • netcdf-cxx4/4.3.0
  • netcdf-fortran/4.4.1
  • netcdf/4.4.1.1
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  • parallel-netcdf/1.9.0
  • parmetis/4.0.3
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  • plumed/2.3.3
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  • raxml/8.2.12
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  • scotch/6.0.6
  • spfft/0.9.10
  • superlu-dist/5.2.2
  • superlu-dist/6.1.1
  • vtk/8.1.2
  • zoltan/3.83

MPICH 3.3.1

GCC 4.8.5

  • boost/1.66.0
  • fftw/3.3.7
  • hdf5/1.10.1
  • netcdf-fortran/4.4.1
  • netcdf/4.4.1.1
  • parallel-netcdf/1.8.0
  • spyking_circus/0.8.4
  • spyking_circus/0.9.0