Euler applications and libraries

Introduction

On Euler cluster, we plan to switch to LMOD modules, which provide some additional features compared to environment modules that we are currently using on Euler. LMOD allows to define a hierarchy of modules containing 3 layers (Core, Compiler, MPI). Therefore we present the list of available applications and libraries in a different way that takes into account the 3 layers of the module hierarchy.

For Python packages, we don't create LMOD modules. For a list of all available Python packages, please check the following wiki page.

Module hierarchy

Core layer

The core layer contains all module files which are not depending on any compiler/MPI. This can for instance be compilers, utility modules (eth_proxy, StdEnv) or commercial codes that bring their own runtime libraries to be independent of the compilers available on the system.

• StdEnv
• adf/2016.07
• adf/2019.302
• ansys/18.2
• ansys/19.5
• ansys_em/19.5_swissloop
• ansys_em/19.5
• ansys_em/20.2.4_swissloop
• ansys_em/20.2.4
• arc/1.0.1
• atac/1.1.0
• atac/1.2.0
• blender/2.79b
• blender/2.80
• cellranger/3.1.0
• cellranger/4.0.0
• cellranger/5.0.1
• cellranger/6.0.0
• cfx/18.2
• cfx/19.5
• climate/3.0
• comsol/5.3a
• comsol/5.4
• comsol/5.5
• comsol/5.6
• cst_studio_suite/2020
• dna/1.1.0
• eth_proxy
• fiji/2.1.0
• fluent/18.2
• fluent/19.5
• freesurfer/6.0.0
• gama/1.8
• gcc/4.8.2
• gcc/4.8.5
• gcc/5.4.0
• gcc/6.3.0
• gcc/7.3.0
• gcc/8.2.0
• gurobi/9.0.2
• gurobi/9.1.1
• icemcfd/18.2
• icemcfd/19.5
• imagej/1.53
• intel/18.0.1
• intel/19.1.0
• intel/2018.1
• intel/2020.0
• intel_tools/18.0.1
• intel_tools/2018.1
• maple/2016
• maple/2019.1
• mathematica/11.1.1
• matlab/R2017b
• matlab/R2020a
• matlab/9.3
• orca/4.2.1
• paraview/5.6.0
• paraview/5.8.0_headless
• paraview/5.8.0
• pgi/15.1
• spaceranger/1.2.1
• stata/14
• stata/16
• turbomole/7.0.2_smp
• turbomole/7.0.2
• turbomole/7.4.1_smp
• turbomole/7.4.1
• vmd/1.9.3

Compiler layer

The compiler layer contains all modules which are depending on a particular compilers, but not on any MPI library. The standard compiler for the new software stack on Euler is GCC 4.8.5, therefore most applications and libraries are available for this compiler. There are additional toolchains for GCC 6.3.0 (supports c++14 standard), GCC 8.2.0 (supports c++17 standard) and for Intel 18.0.1.

GCC 4.8.5

• abseil-cpp/20190808
• ack/2.22
• alglib/3.11.0
• alsa-lib/1.1.4.1
• angsd/0.921
• angsd/0.925
• ann/1.1.2
• ant/1.9.9
• antlr/2.7.7
• apr-util/1.5.4
• apr-util/1.6.0
• apr/1.5.2
• apr/1.6.2
• aragorn/1.2.38
• arb/2.17.0
• argtable/2-13
• aspell/0.60.6.1
• astral/4.10.7
• astyle/3.0.1
• atk/2.20.0
• atk/2.21.90
• atlas/3.10.2
• atompaw/4.0.0.13
• atop/2.2-3
• autoconf/2.69
• autoconf/2.71
• automake/1.15
• automake/1.15.1
• automake/1.16.2
• automake/1.16.3
• bam-readcount/0.8.0
• bamtools/2.5.1
• bamutil/1.0.13
• bash-completion/2.7
• bash/4.4
• bash/4.4.12
• bazel/0.9.0
• bazel/0.11.1
• bazel/0.24.1
• bbmap/37.36
• bc/1.07
• bcftools/1.6
• bcl2fastq/2.20.422
• bdw-gc/7.4.4
• bdw-gc/7.6.0
• bdw-gc/8.0.0
• beagle/3.3.2
• beagle/4.1
• beagle/5.1
• beast1/1.8.4
• beast2/2.4.6
• beast2/2.5.2
• bedops/2.4.36
• bedtools2/2.26.0
• bedtools2/2.27.1
• bedtools2/2.29.2
• berkeley-db/5.3.28
• berkeley-db/6.2.32
• binutils/2.28
• binutils/2.29.1
• binutils/2.36
• binutils/2.36.1
• bismark/0.19.0
• bison/3.0.4
• bison/3.4.2
• bitmap/1.0.8
• blast-plus/2.9.0
• blat/35
• blat/36
• blaze/3.1
• blaze/3.2
• bliss/0.73
• blitz/1.0.1
• boost/1.62.0
• boost/1.63.0
• boost/1.64.0
• boost/1.66.0
• boost/1.68.0
• boost/1.69.0
• boost/1.73.0
• bowtie/1.2
• bowtie2/2.3.4.1
• bowtie2/2.3.5.1
• bpp-core/2.2.0
• bpp-phyl/2.2.0
• bpp-seq/2.2.0
• bpp-suite/2.2.0
• breseq/0.30.1
• bwa/0.7.12
• bwa/0.7.15
• bwa/0.7.17
• bzip2/1.0.6
• bzip2/1.0.8
• c-blosc/1.12.1
• cairo/1.14.8
• cairo/1.14.10
• cairo/1.14.12
• canu/1.9
• cap3/2015-02-11
• cares/1.13.0
• cdbfasta/2017-03-16
• cddlib/0.94h
• cdhit/4.6.8
• cereal/1.2.2
• cgal/4.11
• checkm/1.1.2
• clhep/2.4.1.3
• cloc/1.74
• clustalo/1.2.4
• clustalw/2.1
• cmake/2.8.10.2
• cmake/3.4.3
• cmake/3.5.2
• cmake/3.8.0
• cmake/3.9.0
• cmake/3.9.4
• cmake/3.11.0
• cmake/3.11.1
• cmake/3.12.4
• cmake/3.14.4
• cmake/3.15.3
• cmake/3.16.5
• cmocka/1.1.1
• colm/0.12.0
• compositeproto/0.4.2
• connectome_workbench/1.3.2
• coreutils/8.26
• coreutils/8.31
• cppad/20170000.8
• cppcheck/1.81
• cppunit/1.13.2
• crisprcasfinder/4.2.20
• cscope/15.8b
• cub/1.7.1
• cube/4.3.5
• cuda/8.0.61
• cuda/9.0.176
• cuda/9.1.85
• cuda/9.2.88
• cuda/10.0.130
• cuda/10.1.243
• cuda/11.0.3
• cuda/11.2.2
• cudnn/5.1
• cudnn/6.0
• cudnn/7.0
• cudnn/7.1.4
• cudnn/7.2
• cudnn/7.3
• cudnn/7.4
• cudnn/7.5
• cudnn/7.6.4
• cudnn/8.0.5
• cudnn/8.1.0.77
• cufflinks/2.2.1
• cups/2.2.3
• curl/7.53.1
• curl/7.59.0
• curl/7.61.1
• curl/7.72.0
• cvs/1.12.13
• czmq/4.0.2
• damageproto/1.2.1
• dante/1.4.2
• datamash/1.1.0
• dbus/1.11.2
• dbus/1.12.10
• diamond/0.9.14
• diamond/0.9.22
• diamond/0.9.24
• diamond/0.9.28
• diamond/2.0.6
• direnv/2.11.3
• dmd/2.081.1
• dmlc-core/20170508
• dmxproto/2.3.1
• dos2unix/7.3.4
• double-conversion/2.0.1
• dri2proto/2.8
• dri3proto/1.0
• dropest/0.8.6
• ea-utils/1.04.807
• ed/1.4
• eigen/3.3.4
• elfutils/0.163
• emacs/26.1
• emboss/6.6.0
• energyplus/8.2.0
• energyplus/8.5.0
• exonerate/2.4.0
• expat/2.2.0
• expat/2.2.2
• expat/2.2.9
• exuberant-ctags/5.8
• farmhash/92e897
• fastq-screen/0.11.2
• fastqc/0.11.4
• fastqc/0.11.5
• fastqc/0.11.9
• fastx-toolkit/0.0.14
• ffmpeg/3.2.4
• ffmpeg/3.2.14
• fftw/3.3.5
• fftw/3.3.9
• findutils/4.6.0
• fixesproto/5.0
• flac/1.3.2
• flash/1.2.11
• flatbuffers/1.12.0
• flex/2.6.1
• flex/2.6.3
• flex/2.6.4
• flint/2.5.2
• fltk/1.3.3
• fluidsynth/1.1.10
• font-util/1.3.1
• fontcacheproto/0.1.3
• fontconfig/2.11.1
• fontconfig/2.12.3
• fontsproto/2.1.3
• fonttosfnt/1.0.4
• freetype/2.7
• freetype/2.7.1
• freexl/1.0.5
• fsl/6.0.4
• gatk/4.0.4.0
• gatk/4.0.10.0
• gatk/4.1.1.0
• gaussian/09d01
• gawk/4.1.4
• gawk/5.1.0
• gdal/3.1.2
• gdbm/1.13
• gdbm/1.14.1
• gdbm/1.18.1
• gdk-pixbuf/2.31.2
• gdk-pixbuf/2.31.3
• gdk-pixbuf/2.31.4
• gdk-pixbuf/2.31.6
• gemmlowp/a6f29d9ac
• geos/3.6.2
• gettext/0.19.8
• gettext/0.19.8.1
• gflags/2.1.2
• ghostscript-fonts/8.11
• ghostscript/9.21
• giflib/5.1.4
• git-lfs/2.3.0
• git/2.12.1
• git/2.15.1
• git/2.31.1
• glew/2.0.0
• glib/2.49.7
• glib/2.50.3
• glib/2.53.1
• glib/2.56.0
• glib/2.56.1
• glm/0.9.7.1
• global/6.5
• glog/0.3.4
• glog/0.3.5
• glpk/4.55
• glpk/4.61
• glpk/4.65
• glproto/1.4.17
• gmake/4.0
• gmake/4.2.1
• gmp/6.1.2
• gnat/2016
• gnuplot/5.2.0
• gnutls/3.5.10
• gnutls/3.5.13
• go-bootstrap/1.4-bootstrap-20161024
• go-bootstrap/1.4-bootstrap-20171003
• go/1.8.1
• go/1.10.1
• go/1.11.1
• gobject-introspection/1.49.1
• gobject-introspection/1.49.2
• gobject-introspection/1.50.0
• googletest/1.8.1
• gperf/3.0.4
• gperftools/2.4
• graphtyper/1.3
• graphviz/2.46.0
• groff/1.22.3
• gsl/1.16
• gsl/2.3
• gsl/2.4
• gsl/2.6
• gtkplus/2.24.32
• gts/121130
• guile/2.2.0
• harfbuzz/1.4.5
• harfbuzz/1.4.6
• harfbuzz/1.4.7
• harfbuzz/1.4.8
• harminv/1.4
• hdf/4.2.12
• hdf/4.2.13
• hdf5/1.10.1
• help2man/1.47.4
• highfive/1.5
• highwayhash/dfcb97
• hisat2/2.1.0
• htop/2.0.2
• htslib/1.2
• htslib/1.3.1
• htslib/1.6
• htslib/1.7
• htslib/1.10.2
• hwloc/1.11.6
• hwloc/1.11.8
• hwloc/1.11.9
• hwloc/1.11.10
• hwloc/1.11.12
• hwloc/2.0.1
• hwloc/2.2.0
• hydra/3.3.1
• hypre/2.13.0
• icu4c/58.2
• icu4c/60.1
• id3lib/3.8.3
• idba/1.1.3
• igv/2.8.2
• ilmbase/2.3.0
• image-magick/7.0.5-9
• imake/1.0.7
• inputproto/2.3.2
• intel-tbb/2017.5
• intel-tbb/2018.2
• intltool/0.51.0
• isl/0.14
• isl/0.15
• isl/0.18
• isl/0.19
• jags/4.3.0
• jansson/2.9
• jasper/1.900.1
• jdk/8u141-b15
• jemalloc/4.5.0
• jmol/14.8.0
• jq/1.5
• json-c/0.13.1
• jsoncpp/1.7.3
• judy/1.0.5
• kbproto/1.0.7
• kim-api/2.2.1
• krb5/1.16.1
• lcms/2.8
• leveldb/1.20
• lftp/4.8.1
• libaio/0.3.110
• libarchive/3.2.1
• libarchive/3.3.2
• libassuan/2.4.5
• libatomic-ops/7.4.4
• libatomic-ops/7.6.6
• libbsd/0.8.6
• libbsd/0.10.0
• libcerf/1.3
• libcheck/0.12.0
• libctl/3.2.2
• libdrm/2.4.70
• libdrm/2.4.81
• libdrm/2.4.100
• libdwarf/20160507
• libedit/3.1-20170329
• libelf/0.8.13
• libevent/2.0.19
• libevent/2.0.21
• libfabric/1.8.0
• libffi/3.2.1
• libfontenc/1.1.3
• libfs/1.0.7
• libgcrypt/1.6.2
• libgcrypt/1.8.1
• libgcrypt/1.9.1
• libgd/2.2.4
• libgeotiff/1.5.1
• libgme/0.6.2
• libgpg-error/1.21
• libgpg-error/1.27
• libgpg-error/1.37
• libgpuarray/0.7.5
• libgtextutils/0.7
• libice/1.0.9
• libiconv/1.15
• libiconv/1.16
• libidn2/2.0.5
• libidn2/2.1.1
• libint/2.2.0
• libjpeg-turbo/1.5.0
• libjpeg-turbo/1.5.3
• libjpeg-turbo/2.0.6
• libjpeg/9b
• libjpeg/9c
• libjpeg/9d
• libmng/2.0.2
• libmng/2.0.3
• libnl/3.3.0
• libogg/1.3.2
• libopenal/1.17.2
• libopenal/1.18.2
• libpcap/1.8.1
• libpciaccess/0.13.4
• libpciaccess/0.13.5
• libpciaccess/0.16
• libpipeline/1.4.2
• libpng/1.6.27
• libpng/1.6.34
• libpthread-stubs/0.3
• libpthread-stubs/0.4
• librdf/1.0.17
• libsigsegv/2.11
• libsigsegv/2.12
• libsm/1.2.2
• libsndfile/1.0.23
• libsndfile/1.0.28
• libsodium/1.0.15
• libspatialindex/1.8.5
• libsvm/322
• libszip/2.1.1
• libtiff/3.9.7
• libtiff/4.0.6
• libtiff/4.0.8
• libtiff/4.0.10
• libtool/2.4.6
• libunistring/0.9.7
• libunwind/1.1
• libunwind/1.5.0
• libvorbis/1.3.5
• libx11/1.6.3
• libx11/1.6.5
• libx11/1.7.0
• libxau/1.0.8
• libxaw/1.0.13
• libxc/2.2.2
• libxc/3.0.0
• libxcb/1.12
• libxcb/1.13
• libxcomposite/0.4.4
• libxcursor/1.1.14
• libxdamage/1.1.4
• libxdmcp/1.1.2
• libxext/1.3.3
• libxfixes/5.0.2
• libxfont/1.5.2
• libxft/2.3.2
• libxi/1.7.6
• libxinerama/1.1.3
• libxkbcommon/0.8.0
• libxkbfile/1.0.9
• libxml2/2.9.4
• libxml2/2.9.10
• libxmu/1.1.2
• libxp/1.0.3
• libxpm/3.5.10
• libxpm/3.5.12
• libxrender/0.9.10
• libxres/1.0.7
• libxshmfence/1.2
• libxslt/1.1.29
• libxslt/1.1.30
• libxsmm/1.13
• libxt/1.1.5
• libxtst/1.2.2
• libxv/1.0.10
• libxvmc/1.0.9
• libzmq/4.3.2
• llvm/5.0.1
• llvm/6.0.0
• lmdb/0.9.16
• lmdb/0.9.21
• lmod/7.4.11
• lmod/7.7.13
• lrslib/6.2
• lua-jit/2.0.4
• lua-luafilesystem/1_6_3
• lua-luaposix/33.4.0
• lua/5.3.2
• lua/5.3.4
• lz4/1.7.5
• lz4/1.8.1.2
• lz4/1.9.3
• lzip/1.19
• lziprecover/1.19
• lzlib/1.9
• lzma/4.32.7
• lzo/2.09
• m4/1.4.18
• mafft/7.221
• magma/2.2.0
• magma/2.5.1
• man-db/2.7.6.1
• maven/3.3.9
• maven/3.5.0
• mawk/1.3.4
• mcl/14-137
• mesa-glu/9.0.0
• mesa/17.2.3
• mesa/18.3.6
• metis/5.1.0
• mkfontdir/1.0.7
• mkfontscale/1.1.2
• mono/5.4.1.7
• motioncor2/1.2.3
• motioncor2/1.3.0
• mpc/1.0.3
• mpc/1.1.0
• mpfr/3.1.5
• mpfr/4.0.1
• mpich/3.3.1
• msgpack-c/3.0.1
• mshadow/20170721
• multiqc/1.9
• mumps/5.1.1
• muscle/3.8.31
• muscle/3.8.1551
• nasm/2.11.06
• nasm/2.13.03
• nasm/2.15.05
• ncbi-toolkit/22_0_0
• nccl/2.4.8-1
• nccl/2.7.8-1
• nco/4.6.7
• ncurses/6.0
• netcdf-cxx/4.2
• netcdf/4.4.1
• netcdf/4.4.1.1
• netcdf/4.6.0
• nettle/3.2
• nettle/3.3
• ninja/1.8.2
• ninja/1.9.0
• nnvm/20170418
• numactl/2.0.11
• numactl/2.0.12
• ocaml/4.06.0
• oce/0.18.2
• oce/0.18.3
• oniguruma/6.1.3
• opari2/2.0.4
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Please note that the Intel 18.0.1 toolchain and the available packages for this toolchain were compiled with Intel CPU specific optimization flags. Because of this, these packages cannot be used on Euler compute nodes with AMD CPUs (Euler VI and the coming Euler VII). If you would like to use compute nodes with AMD CPUs, then please use the new Intel 19.1.0 toolchain, which is compatible with AMD CPUs.

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Intel 19.1.0

This Intel toolchain is compatible with AMD CPUs (Euler VI, VII). Please use it if you intend to run codes compiled with Intel on Euler VI or VII nodes.

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MPICH 3.3.1

GCC 4.8.5

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