Euler applications and libraries

Introduction

On Euler cluster, we plan to switch to LMOD modules, which provide some additional features compared to environment modules that we are currently using on Euler. LMOD allows to define a hierarchy of modules containing 3 layers (Core, Compiler, MPI). Therefore we present the list of available applications and libraries in a different way that takes into account the 3 layers of the module hierarchy.

Module hierarchy

Core layer

The core layer contains all module files which are not depending on any compiler/MPI. This can for instance be compilers, utility modules (eth_proxy, StdEnv) or commercial codes that bring their own runtime libraries to be independent of the compilers available on the system.

• StdEnv
• adf/2016.07
• adf/2019.302
• ansys/18.2
• ansys/19.5
• blender/2.79b
• blender/2.80
• cellranger/3.1.0
• cfx/18.2
• cfx/19.5
• comsol/5.3a
• comsol/5.4
• comsol/5.5
• eth_proxy
• fluent/18.2
• fluent/19.5
• freesurfer/6.0.0
• gama/1.8
• gcc/4.8.2
• gcc/4.8.5
• gcc/5.4.0
• gcc/6.3.0
• gcc/7.3.0
• gcc/8.2.0
• icemcfd/18.2
• icemcfd/19.5
• intel/18.0.1
• intel/2018.1
• intel_tools/18.0.1
• intel_tools/2018.1
• maple/2016
• mathematica/11.1.1
• matlab/R2017b
• matlab/9.3
• orca/4.2.1
• paraview/5.6.0
• paraview/5.8.0_headless
• pgi/15.1
• stata/14
• stata/16
• turbomole/7.0.2_smp
• turbomole/7.0.2
• turbomole/7.4.1_smp
• turbomole/7.4.1
• vmd/1.9.3

Compiler layer

The compiler layer contains all modules which are depending on a particular compilers, but not on any MPI library. The standard compiler for the new software stack on Euler is GCC 4.8.5, therefore most applications and libraries are available for this compiler. There are additional toolchains for GCC 6.3.0 (supports c++14 standard), GCC 8.2.0 (supports c++17 standard) and for Intel 18.0.1.

GCC 4.8.5

• abseil-cpp/20190808
• ack/2.22
• alglib/3.11.0
• alsa-lib/1.1.4.1
• angsd/0.921
• angsd/0.925
• ann/1.1.2
• ant/1.9.9
• antlr/2.7.7
• apr-util/1.5.4
• apr-util/1.6.0
• apr/1.5.2
• apr/1.6.2
• aragorn/1.2.38
• arb/2.17.0
• argtable/2-13
• aspell/0.60.6.1
• astral/4.10.7
• astyle/3.0.1
• atk/2.20.0
• atk/2.21.90
• atlas/3.10.2
• atompaw/4.0.0.13
• atop/2.2-3
• autoconf/2.69
• automake/1.15
• automake/1.15.1
• bam-readcount/0.8.0
• bamtools/2.5.1
• bamutil/1.0.13
• bash/4.4
• bash/4.4.12
• bazel/0.9.0
• bazel/0.11.1
• bazel/0.24.1
• bbmap/37.36
• bc/1.07
• bcftools/1.6
• bdw-gc/7.4.4
• bdw-gc/7.6.0
• beagle/3.3.2
• beagle/4.1
• beagle/5.1
• beast1/1.8.4
• beast2/2.4.6
• beast2/2.5.2
• bedops/2.4.36
• bedtools2/2.26.0
• bedtools2/2.27.1
• berkeley-db/5.3.28
• berkeley-db/6.2.32
• binutils/2.28
• binutils/2.29.1
• bismark/0.19.0
• bison/3.0.4
• bitmap/1.0.8
• blast-plus/2.9.0
• blat/35
• blat/36
• blaze/3.1
• blaze/3.2
• bliss/0.73
• blitz/1.0.1
• boost/1.62.0
• boost/1.63.0
• boost/1.64.0
• boost/1.66.0
• boost/1.68.0
• boost/1.69.0
• bowtie/1.2
• bowtie2/2.3.4.1
• bowtie2/2.3.5.1
• bpp-core/2.2.0
• bpp-phyl/2.2.0
• bpp-seq/2.2.0
• bpp-suite/2.2.0
• breseq/0.30.1
• bwa/0.7.12
• bwa/0.7.15
• bwa/0.7.17
• bzip2/1.0.6
• c-blosc/1.12.1
• cairo/1.14.8
• cairo/1.14.10
• cairo/1.14.12
• canu/1.9
• cap3/2015-02-11
• cares/1.13.0
• cdbfasta/2017-03-16
• cddlib/0.94h
• cdhit/4.6.8
• cereal/1.2.2
• cgal/4.11
• checkm/1.1.2
• clhep/2.4.1.3
• cloc/1.74
• clustalo/1.2.4
• clustalw/2.1
• cmake/2.8.10.2
• cmake/3.4.3
• cmake/3.5.2
• cmake/3.8.0
• cmake/3.9.0
• cmake/3.9.4
• cmake/3.11.0
• cmake/3.11.1
• cmake/3.12.4
• cmake/3.14.4
• cmake/3.15.3
• cmake/3.16.5
• cmocka/1.1.1
• colm/0.12.0
• compositeproto/0.4.2
• connectome_workbench/1.3.2
• coreutils/8.26
• cppad/20170000.8
• cppcheck/1.81
• cppunit/1.13.2
• cscope/15.8b
• cub/1.7.1
• cube/4.3.5
• cuda/8.0.61
• cuda/9.0.176
• cuda/9.1.85
• cuda/9.2.88
• cuda/10.0.130
• cuda/10.1.243
• cudnn/5.1
• cudnn/6.0
• cudnn/7.0
• cudnn/7.2
• cudnn/7.3
• cudnn/7.4
• cudnn/7.5
• cudnn/7.6.4
• cufflinks/2.2.1
• cups/2.2.3
• curl/7.53.1
• curl/7.59.0
• curl/7.61.1
• cvs/1.12.13
• czmq/4.0.2
• damageproto/1.2.1
• dante/1.4.2
• datamash/1.1.0
• dbus/1.11.2
• dbus/1.12.10
• diamond/0.9.14
• diamond/0.9.22
• diamond/0.9.24
• diamond/0.9.28
• direnv/2.11.3
• dmd/2.081.1
• dmlc-core/20170508
• dmxproto/2.3.1
• dos2unix/7.3.4
• double-conversion/2.0.1
• dri2proto/2.8
• dri3proto/1.0
• dropest/0.8.6
• ea-utils/1.04.807
• ed/1.4
• eigen/3.3.4
• elfutils/0.163
• emacs/26.1
• exonerate/2.4.0
• expat/2.2.0
• expat/2.2.2
• exuberant-ctags/5.8
• farmhash/92e897
• fastq-screen/0.11.2
• fastqc/0.11.4
• fastqc/0.11.5
• fastqc/0.11.9
• fastx-toolkit/0.0.14
• ffmpeg/3.2.4
• ffmpeg/3.2.14
• fftw/3.3.5
• findutils/4.6.0
• fixesproto/5.0
• flac/1.3.2
• flash/1.2.11
• flex/2.6.1
• flex/2.6.3
• flex/2.6.4
• flint/2.5.2
• fltk/1.3.3
• fluidsynth/1.1.10
• font-util/1.3.1
• fontcacheproto/0.1.3
• fontconfig/2.11.1
• fontconfig/2.12.3
• fontsproto/2.1.3
• fonttosfnt/1.0.4
• freetype/2.7
• freetype/2.7.1
• freexl/1.0.5
• gatk/4.0.4.0
• gawk/4.1.4
• gdbm/1.13
• gdbm/1.14.1
• gdk-pixbuf/2.31.2
• gdk-pixbuf/2.31.3
• gdk-pixbuf/2.31.4
• gdk-pixbuf/2.31.6
• gemmlowp/a6f29d9ac
• geos/3.6.2
• gettext/0.19.8.1
• gflags/2.1.2
• ghostscript-fonts/8.11
• ghostscript/9.21
• giflib/5.1.4
• git-lfs/2.3.0
• git/2.12.1
• git/2.15.1
• glew/2.0.0
• glib/2.49.7
• glib/2.50.3
• glib/2.53.1
• glib/2.56.0
• glib/2.56.1
• glm/0.9.7.1
• global/6.5
• glog/0.3.4
• glog/0.3.5
• glpk/4.55
• glpk/4.61
• glpk/4.65
• glproto/1.4.17
• gmake/4.0
• gmake/4.2.1
• gmp/6.1.2
• gnat/2016
• gnuplot/5.2.0
• gnutls/3.5.10
• gnutls/3.5.13
• go-bootstrap/1.4-bootstrap-20161024
• go-bootstrap/1.4-bootstrap-20171003
• go/1.8.1
• go/1.10.1
• go/1.11.1
• gobject-introspection/1.49.1
• gobject-introspection/1.49.2
• gobject-introspection/1.50.0
• googletest/1.8.1
• gperf/3.0.4
• gperftools/2.4
• graphtyper/1.3
• groff/1.22.3
• gsl/1.16
• gsl/2.3
• gsl/2.4
• gtkplus/2.24.32
• gts/121130
• guile/2.2.0
• harfbuzz/1.4.5
• harfbuzz/1.4.6
• harfbuzz/1.4.7
• harfbuzz/1.4.8
• harminv/1.4
• hdf/4.2.12
• hdf/4.2.13
• hdf5/1.10.1
• help2man/1.47.4
• highfive/1.5
• highwayhash/dfcb97
• hisat2/2.1.0
• htop/2.0.2
• htslib/1.2
• htslib/1.6
• htslib/1.7
• htslib/1.10.2
• hwloc/1.11.6
• hwloc/1.11.8
• hwloc/1.11.9
• hwloc/1.11.10
• hwloc/1.11.12
• hwloc/2.0.1
• hwloc/2.2.0
• hydra/3.3.1
• hypre/2.13.0
• icu4c/58.2
• icu4c/60.1
• id3lib/3.8.3
• idba/1.1.3
• igv/2.8.2
• ilmbase/2.3.0
• image-magick/7.0.5-9
• imake/1.0.7
• inputproto/2.3.2
• intel-tbb/2017.5
• intel-tbb/2018.2
• intltool/0.51.0
• isl/0.14
• isl/0.15
• isl/0.18
• isl/0.19
• jansson/2.9
• jasper/1.900.1
• jdk/8u141-b15
• jemalloc/4.5.0
• jmol/14.8.0
• jq/1.5
• jsoncpp/1.7.3
• judy/1.0.5
• kbproto/1.0.7
• krb5/1.16.1
• lcms/2.8
• leveldb/1.20
• lftp/4.8.1
• libaio/0.3.110
• libarchive/3.2.1
• libarchive/3.3.2
• libassuan/2.4.5
• libatomic-ops/7.4.4
• libbsd/0.8.6
• libcerf/1.3
• libcheck/0.12.0
• libctl/3.2.2
• libdrm/2.4.70
• libdrm/2.4.81
• libdwarf/20160507
• libedit/3.1-20170329
• libelf/0.8.13
• libevent/2.0.19
• libevent/2.0.21
• libfabric/1.8.0
• libffi/3.2.1
• libfontenc/1.1.3
• libfs/1.0.7
• libgcrypt/1.6.2
• libgcrypt/1.8.1
• libgd/2.2.4
• libgme/0.6.2
• libgpg-error/1.21
• libgpg-error/1.27
• libgpuarray/0.7.5
• libgtextutils/0.7
• libice/1.0.9
• libiconv/1.15
• libidn2/2.0.5
• libidn2/2.1.1
• libint/2.2.0
• libjpeg-turbo/1.5.0
• libjpeg-turbo/1.5.3
• libjpeg/9b
• libjpeg/9c
• libmng/2.0.2
• libmng/2.0.3
• libnl/3.3.0
• libogg/1.3.2
• libopenal/1.17.2
• libopenal/1.18.2
• libpcap/1.8.1
• libpciaccess/0.13.4
• libpciaccess/0.13.5
• libpipeline/1.4.2
• libpng/1.6.27
• libpng/1.6.34
• libpthread-stubs/0.3
• libpthread-stubs/0.4
• librdf/1.0.17
• libsigsegv/2.11
• libsm/1.2.2
• libsndfile/1.0.23
• libsndfile/1.0.28
• libsodium/1.0.15
• libsvm/322
• libszip/2.1.1
• libtiff/3.9.7
• libtiff/4.0.6
• libtiff/4.0.8
• libtiff/4.0.10
• libtool/2.4.6
• libunistring/0.9.7
• libunwind/1.1
• libvorbis/1.3.5
• libx11/1.6.3
• libx11/1.6.5
• libxau/1.0.8
• libxaw/1.0.13
• libxc/2.2.2
• libxc/3.0.0
• libxcb/1.12
• libxcb/1.13
• libxcomposite/0.4.4
• libxcursor/1.1.14
• libxdamage/1.1.4
• libxdmcp/1.1.2
• libxext/1.3.3
• libxfixes/5.0.2
• libxfont/1.5.2
• libxft/2.3.2
• libxi/1.7.6
• libxinerama/1.1.3
• libxkbcommon/0.8.0
• libxkbfile/1.0.9
• libxml2/2.9.4
• libxmu/1.1.2
• libxp/1.0.3
• libxpm/3.5.10
• libxpm/3.5.12
• libxrender/0.9.10
• libxres/1.0.7
• libxshmfence/1.2
• libxslt/1.1.29
• libxslt/1.1.30
• libxsmm/1.13
• libxt/1.1.5
• libxtst/1.2.2
• libxv/1.0.10
• libxvmc/1.0.9
• libzmq/4.3.2
• llvm/5.0.1
• llvm/6.0.0
• lmdb/0.9.16
• lmdb/0.9.21
• lmod/7.4.11
• lmod/7.7.13
• lrslib/6.2
• lua-jit/2.0.4
• lua-luafilesystem/1_6_3
• lua-luaposix/33.4.0
• lua/5.3.2
• lua/5.3.4
• lz4/1.7.5
• lz4/1.8.1.2
• lzip/1.19
• lziprecover/1.19
• lzlib/1.9
• lzma/4.32.7
• lzo/2.09
• m4/1.4.18
• mafft/7.221
• magma/2.2.0
• magma/2.5.1
• man-db/2.7.6.1
• maven/3.3.9
• maven/3.5.0
• mawk/1.3.4
• mcl/14-137
• mesa-glu/9.0.0
• mesa/17.2.3
• mesa/18.3.6
• metis/5.1.0
• mkfontdir/1.0.7
• mkfontscale/1.1.2
• mono/5.4.1.7
• motioncor2/1.2.3
• motioncor2/1.3.0
• mpc/1.0.3
• mpc/1.1.0
• mpfr/3.1.5
• mpfr/4.0.1
• mpich/3.3.1
• msgpack-c/3.0.1
• mshadow/20170721
• mumps/5.1.1
• muscle/3.8.1551
• nasm/2.11.06
• nasm/2.13.03
• nccl/2.4.8-1
• nco/4.6.7
• ncurses/6.0
• netcdf-cxx/4.2
• netcdf/4.4.1
• netcdf/4.4.1.1
• nettle/3.2
• nettle/3.3
• ninja/1.8.2
• ninja/1.9.0
• nnvm/20170418
• numactl/2.0.11
• numactl/2.0.12
• ocaml/4.06.0
• oce/0.18.2
• oce/0.18.3
• oniguruma/6.1.3
• opari2/2.0.4
• openblas/0.2.19
• openblas/0.2.20
• openblas/0.3.6
• openblas/0.3.7
• opencv/3.4.3
• openexr/2.3.0
• openjdk/11.0.2
• openjpeg/2.3.0
• openmpi/2.1.1
• openmpi/3.0.1
• openmpi/4.0.2
• openssl/1.0.1e
• opus/1.1.4
• otf2/2.2
• p7zip/16.02
• pango/1.40.3
• pango/1.40.4
• pango/1.41.0
• papi/5.5.1
• parallel/20190222
• patch/2.7.5
• patch/2.7.6
• patchelf/0.9
• pbzip2/1.1.13
• pcre/8.40
• pcre/8.41
• pcre2/10.20
• pcre2/10.31
• pdt/3.22.1
• perl-alien-build/1.86
• perl-alien-libxml2/0.10_01
• perl-capture-tiny/0.46
• perl-dbi/1.636
• perl-extutils-makemaker/7.24
• perl-extutils-pkgconfig/1.16
• perl-ffi-checklib/0.25
• perl-file-chdir/0.1011
• perl-file-which/1.22
• perl-gd/2.53
• perl-gdgraph/1.4308
• perl-gdtextutil/0.86
• perl-json/2.97001
• perl-module-build/0.4224
• perl-path-tiny/0.108
• perl-sub-uplevel/0.2800
• perl-term-readkey/2.37
• perl-term-readline-gnu/1.36
• perl-termreadkey/2.38
• perl-test-exception/0.43
• perl-uri-escape/1.71
• perl-xml-libxml/2.0201
• perl-xml-libxslt/1.96
• perl-xml-namespacesupport/1.12_9
• perl-xml-parser/2.44
• perl-xml-sax-base/1.09
• perl-xml-sax/1.02
• perl-xml-writer/0.625
• perl/5.16.3
• perl/5.24.1
• pigz/2.4
• pixman/0.34.0
• pkg-config/0.29.2
• pkgconf/1.4.0
• plzip/1.6
• poppler-data/0.4.9
• poppler/0.65.0
• portaudio/190600_20161030
• postgresql/9.5.3
• postgresql/10.3
• postgresql/11.0
• postgresql/11.4
• ppl/1.2
• pplacer/1.1.alpha19
• prank/170427
• presentproto/1.0
• printproto/1.0.5
• prodigal/2.6.3
• proj/4.9.2
• proj/5.2.0
• protobuf/3.1.0
• protobuf/3.2.0
• protobuf/3.3.0
• protobuf/3.5.1.1
• python/2.7.14
• python/3.6.4
• python/3.7.4
• qhull/2015.2
• qrupdate/1.1.2
• qt/4.8.6
• qt/5.9.1
• qt/5.10.0
• r/3.4.3
• r/3.5.1
• ragel/6.10
• randrproto/1.5.0
• raptor/2.0.15
• rasqal/0.9.33
• rdma-core/20
• readline/7.0
• recordproto/1.14.2
• renderproto/0.11.1
• resourceproto/1.2.0
• ruby/2.2.0
• samtools/1.2
• samtools/1.6
• samtools/1.10
• scala/2.12.1
• scons/2.5.0
• scons/3.0.1
• scotch/6.0.3
• scotch/6.0.4
• scotch/6.0.6
• sdl2/2.0.5
• sed/4.2.2
• seqtk/1.2
• seqtk/1.3
• serf/1.3.8
• serf/1.3.9
• setxkbmap/1.3.1
• sharc/2.1.1
• shared-mime-info/1.8
• silo/4.10.2
• snappy/1.1.7
• sos/1.4.3
• sowing/1.1.23-p1
• sox/14.4.2
• spades/3.6.2
• spades/3.10.0
• spades/3.11.1
• sparsehash/2.0.3
• spglib/1.10.3
• sqlite/3.18.0
• sqlite/3.22.0
• sqlite/3.30.0
• sra-toolkit/2.8.1
• sra-toolkit/2.8.2-1
• sra-toolkit/2.9.2
• sra-toolkit/2.10.5
• star/2.5.3a
• star/2.7.2d
• sublime-text/2.0.2
• subversion/1.9.5
• subversion/1.9.7
• suite-sparse/5.1.0
• superlu/5.2.0
• superlu/5.2.1
• swig/2.0.12
• swig/3.0.10
• swig/3.0.11
• swig/3.0.12
• sz/1.4.12.3
• tar/1.29
• tcl-tcllib/1.19
• tcl/8.6.6
• tcl/8.6.8
• tetgen/1.5.0
• texinfo/6.3
• texinfo/6.5
• texlive/live
• timidity/2.14.0
• tk/8.6.6
• tk/8.6.8
• tmux/2.4
• tmux/2.6
• tophat/2.1.2
• tree/1.7.0
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Intel 18.0.1

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OpenMPI 4.0.2

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GCC 6.3.0

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GCC 8.2.0

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• zoltan/3.83

MPICH 3.3.1

GCC 4.8.5

• boost/1.66.0
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